389 ورقة بحثية
تكشف هذه الدراسة أن التباين الطبيعي في استقلاب الجالاكتوز والميليبوز عبر عزلات *Schizosaccharomyces pombe* يتشكل بفعل تداخل ديناميكي لقوى تطورية متضادة، تشمل فقدان الجينات، والكبح، والتضخيم، ونقل الجينات الأفقي، مما يثبت أن نوعاً حقيقياً نواة واحداً يمكنه السعي في آن واحد نحو مسارات تطورية اختزالية وتوسعية لتحقيق التنوع الاستقلابي.
يُعد SplitAligner إطار عمل مبتكرًا يُوفق بين أشجار الجينات وأشجار الأنواع من خلال إسقاط فروع شجرة الأنواع على مجموعات من الأصناف الخاصة بكل جين للتمييز بشكل منهجي بين النقص الهيكلي والتنافر الناجم عن الطوبولوجيا، مما يتيح إجراء تحليلات تطورية معيارية على مستوى الفروع عبر آلاف المواقع الجينية.
تُنشئ هذه الدراسة خريطة تنموية شاملة قائمة على التعبير الجيني في مراحل تكوين الجهاز العصبي المبكرة لدى كائن "سباديلا سيفالوبتيرا" (Spadella cephaloptera) من فصيلة الشعريات، كاشفةً أنه على الرغم من بنيته الفريدة للجهاز العصبي، فإنه يُظهر سمات نمط جزيئي ثنائية التماثل محفوظة، ونشرًا مكانيًا وزمانيًا للجينات المحورية والجينات المكونة للأعصاب الرئيسية.
تقدم هذه الورقة قاعدة بيانات جينومية شاملة ومتاحة للجمهور تحتوي على أكثر من 1,700 جينوم متسلسل لنباتات *Arabidopsis lyrata* و*A. arenosa* ذات التلقيح الخلطي، والتي تدمج بين البنية السكانية، والخرائط الجغرافية، وقدرات دراسة الارتباط على نطاق الجينوم لتسهيل الأبحاث حول التكيف المحلي وعلم الوراثة المقارن.
تقدم الورقة البحثية أداة **scoup**، وهي أداة تعتمد على لغة R ومنصة Bioconductor، تدمج بشكل فريد بين علم تطور السلالات وعلم الوراثة السكانية من خلال محاكاة تسلسلات الكودونات تحت تأثير الانتقاء الدارويني عبر دمج مبتكر بين نموذج "هالبرن-برونو" للطفرات والانتقاء وعملية "أورنستين-أولين" (Ornstein-Uhlenbeck).
تكشف هذه الاستقصاءات الجينومية أن فطر *Clonostachys rosea* يضم سلالات متباينة الجنس (heterothallic) سلفية وأخرى متماثلة الجنس (homothallic) مشتقة، حيث نشأت الأخيرة في أمريكا الجنوبية وتُظهر أنماطاً متميزة من التنوع النوكليوتيدي عدم توازن الارتباط التي تعكس استراتيجيتها التكاثرية ذاتية الإخصاب.
باستخدام نظام تطور تجريبي عالي التكرار لذبابة الفاكهة، تُظهر هذه الدراسة أن الانتخاب من أجل تأجيل التكاثر يدفع نحو تكيفات متعددة الجينات ومتقاربة تعمل على إطالة العمر وتعزيز الدفاع المناعي من خلال تحولات في التردد الأليلي في الجينات المرتبطة أساساً بالنمو العصبي وتخلق الأعضاء بدلاً من مسارات الشيخوخة التقليدية.
من خلال تحليل تكاملي للبيانات الجينومية والأليلية والمورفولوجية، تفكك هذه الدراسة التعقيد التصنيفي لمجموعة "أبيض العين الآسيوي" سريعة الانتشار، كاشفةً عن انقسامات فيلوجينية عميقة وتطوراً مورفولوجياً متميزاً، مع الاستنتاج بأن العديد من الاختلافات الملحوظة بين العشائر، مثل النوع شبه العرقي *Z. montanus*، لا تمثل على الأرجح بعد خطوط أنواع مستقلة تماماً.
كشفت التحليلات الفيلوجينومية باستخدام بيانات الالتقاط المستهدف أن صنوبر نيوزيلندا الجبلي *Podocarpus nivalis* نشأ كهجين بين نوع *P. laetus* النيوزيلندي ونوع *P. lawrencei* الأسترالي، مما يسلط الضضواء على أهمية التطور الشبكي في الصنوبريات في نصف الكرة الجنوبي.
تكشف هذه الدراسة أنه في حين كان تطور متغيرات سارس-كوف-2 المبكرة مدفوعاً بزيادة القدرة على العدوى، فإن موجات الانتخاب اللاحقة كانت مدفوعة بشكل أساسي بالتراكم الإضافي للطفرات التي تعزز الهروب المناعي، مما سمح للسلالات الناجحة بالحفاظ على قدرة عالية على العدوى مع التطور المستمر في الخصائص المستضدية.